Центърът се ръководи от директор и е структуриран в три отдела:
отдел „Оценяване в предучилищното и училищното образование“
- Организира разработването на изпитни материали за външни оценявания и други изпити в училищното образование и подпомага разработването на изпитни материали за текущи изпитвания;
- участва в организирането и провеждането на националните външни оценявания и на държавните зрелостни изпити;
- разработва и апробира модели за вътрешно и външно оценяване в училищното образование;
- методически подпомага регионалните управления на образованието и училищните ръководства и учителите за разработването на изпитни материали за различни видове изпити
- предоставя на МОН периодични доклади за качеството на училищното образование;
- организира разработването и апробирането на изпитни материали за различни видове изпити;
- създава, поддържа и актуализира база данни с изпитни материали;
- изготвя предложения за състава на комисиите за подготовка и за експертна оценка на изпитни материали за държавни зрелостни изпити и за различни видове изпити;
- съдейства за инструктиране на РУО, директори на училищата и отговорници по информационна сигурност на изпитите на национално ниво;
- разработва изпитни материали, организира и провежда изпити за установяване степента на владеене на български език при придобиване на българско гражданство по натурализация и владеенето на български език и професионалната терминология на български език от чужденците за упражняване на медицинска професия в Република България;
- подпомага съответните дирекции в МОН при изготвянето на учебно-изпитни програми;
- участва в създаването и поддържането на информационна мрежа за заявяване на участие в изпити на национално ниво;
- осигурява вярно репродуциране на изпитни материали в съдържателен и количествен план;
- осигурява информационна сигурност при печатане, разпространение и проверка на изпитни материали;
- предлага и прилага механизми за засекретяване и разсекретяване на изпитни материали за изпити на национално ниво;
- осигурява правилното използване на софтуерен продукт и оптически четец за обработка на данни от изпити на национално ниво;
- подпомага директора на центъра при изготвянето на периодични доклади до МОН за качеството на училищното образование.
отдел „Международни изследвания в образованието и анализи“
- проучва и анализира процедурите на разработване на инструментите и провеждане на оценявания на учениците в страните от Европейския съюз и в други страни с цел използване на положителния опит и добрите практики;
- предоставя на МОН информация за положителния опит и добри практики на страните от Европейския съюз и други международни партньори и съдейства за предоставянето на информация за националния опит в областта на оценяването на резултатите от качеството на училищното образование;
- подготвя тематични изследвания за качеството на училищното образование на национално ниво;
- извършва дейности по участието на страната ни в международни изследвания на качеството на училищното образование в Република България;
- организира и поддържа мрежа от тестови администратори за провеждане на международни и национални изследвания на качеството на училищното образование;
- обработва и анализира данните от международни и национални изследвания на качеството на училищното образование и разработва и публикува доклади с резултатите от изследванията;
- анализира съдържателните и организационните проблеми, свързани с провеждането на различни видове изпити на национално ниво, и подготвя статистическа информация, която предоставя на МОН;
- участва в организацията и провеждането на изпити за установяване степента на владеене на български език при придобиване на българско гражданство по натурализация и владеенето на български език и професионалната терминология на български език от чужденците за упражняване на медицинска професия в Република България.
отдел „Административно-правно и финансово-счетоводно обслужване“
- осъществява процесуалното представителство на центъра;
- осигурява управлението на собствеността, предоставена за ползване на центъра;
- изготвя документите по възникване, изменение и прекратяване на трудовите правоотношения на служителите в центъра;
- води и съхранява трудовите досиета на служителите;
- организира и контролира деловодната дейност и движението на кореспонденцията;
- организира правилното ползване и съхраняване на документацията;
- извършва финансово-счетоводното обслужване в съответствие с нормативните документи, отнасящи се за второстепенните разпоредители с бюджетни кредити;
- организира законосъобразното и целесъобразното разходване на средствата съгласно утвърдения бюджет;
- организира и извършва цялостното материално-техническо снабдяване и обслужване на центъра.